شرکت هواپیمایی زاگرس در سال ۱۳۸۴ در منطقه آزاد اروند تاسیس شد و فعالیتش را با دو فروند هواپیمای توپولوف آغاز کرد. پس از دو سال با به بکارگیری دو فروند هواپیمای بوئینگ فعالیت خود را گسترش داد و اولین پرواز بین المللی اش را در سال ۱۳۹۷ در مسیر تهران-دمشق انجام داد. در حال حاضر این ایرلاین به بیش از ۲۱ مقصد داخلی و خارجی پرواز مستقیم دارد و با جابجایی بیش از ۳ میلیون مسافر در مسیر رشد و توسعه قرار دارد. فرودگاه بین المللی مهرآباد و فرودگاه بین المللی آبادان دو قطب اصلی این ایرلاین به شمار می روند.
